国内船务代理业以提供国际航商在台进行进出口作业代理服务为业，税捐稽征单位近期针对代理费开立凭证进行查核，以及要求船代公司，于收取进口文件费时应开立五％应税发票，台北市船务代理商业同业公会昨（十一）日召开理监事联席会议，由理事长李健发主持，就「外轮来台代理费用与进口文件费开立收费凭证」及「进口货柜在台处理是否属于海运运费」等议题在会中进行热烈讨论，最终经决议通过将与会计师研究讨论后，再与财政部进行沟通协商。业者认为，由于提供劳务的性质都一样，如此做法对船代业者明显不公平。

根据营业税法施行细则第十一条及统一发票使用办法第十条规定，国际海运收入项目征免营业税核定表，外轮来台代理费项目出港代理费为零税率，而进港代理费须征五％营业税，并应开立统一发票。而进口货柜在台处理是否属于海运运费议题，依航业法第二十五条，船舶运送业经固定航线之客、货运价表，应报请当地航政机关核转交通部备查。而运价表申报项目中包括海运运费、货柜场作业费（THC）及附加费。