为落实两岸海关合作协议的实施，财政部未来将在ECFA经济合作委员会海关合作工作小组下成立税则、关税估价、AEO、RFID、电子信息交换及贸易统计等工作分组，负责推动各合作事项，并就后续推动工作与期程拟定工作计划。同时，财政部与陆方海关也将成立联络窗口及联络热线，沟通处理业者及台商所遭遇的通关问题。此外，财政部将持续展开协议相关倡导工作，向台商及国内进出口相关业者说明协议相关机制，使业者均能享受该协议的好处。
财政部关政司十三日表示，两岸海关合作协议之签署对两岸贸易将可带来极大效益，包括（一）双方海关建立沟通平台，及时解决通关问题，维护台商权益。（二）进行AEO、RFID及建立电子信息交换系统等关务技术合作以便捷货物通关，降低业者营运成本。（三）合作打击走私，维护国民健康及社会经贸安全；各项合作有助建立起两岸优质通关环境。（四）落实ECFA货品贸易协议执行，使ECFA货物能顺利通关并享受优惠关税，进而促进经济发展。
中国大陆已成为我国第一大出口市场，也是我国第二大进口来源地，属我国最大贸易伙伴，财政部指出，去（一○○）年双边贸易总额达一二七五·六亿美元，海关负责货物通关与监管，在两岸贸易量如此庞大的情况下，双方海关合作更显重要。
由于ECFA早收项目六○八项将于明（一○二）年起全部适用零关税，未来ECFA货品贸易协议也将扩大免关税项目。财政部表示，为确保ECFA有效实施，同时避免因货物通关之查核事项，例如关税估价、税则分类及原产地认定之见解不一，而影响适用零关税或产生其他影响ECFA效益情事，双方海关实有加强合作之必要。双方经多次协商并终获共识。
财政部表示，两岸海关合作协议文本包括总则、海关程序、海关合作、请求程序及其他等共五章计十七条条文，协议规定双方关务程序应遵循国际规范，符合透明化原则，运用风险管理。双方海关就相互通报海关规定、优质企业（AEO）相互承认、应用无线射频识别技术（RFID）执行海关监管、情资交换共同打击走私、加强在海关保税区管理方面合作、贸易统计合作等共十二项实质合作项目。协议签署后，两岸海关执行各具体合作事项，并成立工作小组推动，将可提高两岸货物通关效率，有效打击非法贸易，达到促进两岸贸易便捷与安全的目的。