依据中国交通运输部与财政部日前召开港口建设费征管工作座谈会，两部共同推动新制港建费征管，新办法平均调降幅度为百分之廿，部分项目最高达百分之六十。中交部强调，在港口政企分开、市场化运营的新形势下，调整港建费征收政策，相关各方要从发展大局出发，贯彻中国国务院关于港建费征收政策调整的决策精神，建立和完善合作、联动机制，整合资源、提高效率，共同推动港建费征管工作再上新台阶。今年十月一日起，该部将实施﹁港口建设费征收使用管理办法﹂新制，对施行廿五年的港口建设费征收体制进行重大调整。根据该办法，港建费征收主体由港口企业改为海事管理机构，俾利其政府性基金实行更严格的﹁收支两条线﹂管理，且将港建费征收标准下调20%，并统一规定中央和地方财政分成比例。 
依据中交部水运局的说法，比照现行﹁港口建设费征收办法实施细则﹂，新办法大幅降低港口建设费征收标准。按照现行标准，国外进出口货物每吨按七元计征；国内出口货物每重量吨海港及南京以下（含南京）长江港口按五元计征。而十月一日以后，上述货物将按照5.6元及4元标准收取，降低了20%。至于货柜方面，不仅征费有所降低，对其类型的划分也更细致。按照现行标准，国际20呎柜按每柜80元计征，国际40呎柜按每柜120元计征；国内标准柜海港及南京以下（含南京）长江港口按其标记载重吨每吨5元计征，其他内河港口按2.5元计征。而十月一日后，国内出口货柜和内支线货柜20呎柜每柜32元，40呎柜每柜48元；国外进出口货柜20呎柜每柜64元，40呎柜每柜96元。对比两个收费标准，新标准收费的下降幅度最高达到60%。与现行规定相比，该办法还有一个重要改变，原来港建费会有一定比例返还给代征港口企业，但十月一日以后，所有港建费全部归国家和地方国库所有。